Преобладающим типом болот в заповеднике являются низинные болота (54,4% от всей площади болот). Для них характерны сильная проточность вод и значительная обводненность в весенний период. Летом уровень вод снижается. Такой гидрологический режим обусловливает большое богатство и разнообразие как видов растений, так и фитоценозов. Из лесообразующих пород здесь произрастают ольха черная, береза пушистая, ель, реже сосна. В напочвенном покрове – обилие болотного разнотравья и осок. Наиболее типичные представители низинных болот – осока удлиненная, осока острая, осока пузырчатая, тростник обыкновенный, белокрыльник болотный.
Несколько меньшую площадь (35,3% от всех болот заповедника) занимают переходные болота, которые характеризуются средней обводненностью. Они представлены двумя категориями: переходные открытые и переходные лесные сосновые и пушистоберезовые. Проточность их может изменяться от очень слабой до значительной, поэтому состав растительного покрова сильно варьирует, преобладают сосновые и пушистоберезовые осоково-сфагновые сообщества. В формировании растительности принимают участие как евтрофные, так и мезо- и олиготрофные виды болотных растений. Наиболее характерны для переходных болот: вахта трехлистная, сабельник болотный, осока вздутая и др. Среди кустарников – ива пепельная, береза приземистая, мирт болотный.
10,3% площади всех болот заповедника приходится на болота верхового типа. Характерными признаками верховых болот является развитие в покрове олиготрофных видов сфагновых мхов и выпуклое строение торфяной залежи, а также только атмосферный характер водного питания.
В заповеднике выделено две категории верховых болот: открытые или безлесные и сосновые лесные. Безлесные болота представлены такими ассоциациями как кустарничково-пушицево-сфагновые, осоково-сфагновые и шейхцериево-сфагновые, причем две последние представляют собой грядово-мочажинный комплекс. Для него характерна четкая дифференциация растительности: шейхцерия болотная, осока топяная, топяные виды сфагнума, на грядах – кустарнички вересковых, политрихум альпийский, единичные деревья сосны, сфагнумы бурый и магелланский. Лесные верховые болота представлены пушицево-сфагновой, пушицево-кустарничково-сфагновой и багульниково-сфагновой ассоциациями сосняка сфагнового.