Для территории заповедника известно более двух тысяч видов растений. Из них: сосудистых – 825, мохообразных – 216, грибов – 565, водорослей – 317, лишайников – 261.
Водоросли. В альгофлористическом отношении территория заповедника изучена недостаточно. Наиболее полная характеристика фитопланктона приводится для озер Палик и Домжерицкое. По данным, в этих озерах обнаружено 187 видов водорослей . Наиболее изученной таксономической группой в альгофлоре заповедника являются диатомовые водоросли. В водоемах заповедника их выявлено 317 видов, в том числе в озере Ольшица обнаружено 229, в Плавно -222, в Манец – 215, в Домжерицком – 205, в Пострежском – 98, в Палике – 236 видов. Класс Центрические диатомеи представлен 6 порядками, 8 родами и 25 видами, что составляет 7,8% общего количества видов, отмеченных для заповедника. По видовому разнообразию выделяется род Cyclotella, насчитывающий 9 видов. Роды Stephanodiscus и Aulacosira включают соответственно 5 и 6 видов, остальные 5 родов по 1 виду. Класс Pennatophyceae гораздо богаче – 222 вида, или 92,2% от общего количества и включает представителей 2 порядков. К порядку Araphales относятся 33 вида из 7 родов и 3 семейств. Ведущее положение здесь занимает семейство Fragilariaceae – 28 видов. Порядок Raphales включает 11 семейств, 27 родов и 259 видов, что составляет более 80% видового состава диатомей в изученных озерах. Наиболее представлено семейство Naviculaceae, включающее 116 видов из 11 родов.
