Гидрографическая сеть территории хорошо развита (средняя густота речной сети составляет 0,41 км/км2) и представлена
69 реками с постоянным и сезонным течением. Общая длина их 280 км, протяженность большинства рек (80%) не превышает 5 км.
Основная площадь заповедника (более 95%) принадлежит бассейну Березины, одного из крупнейших притоков Днепра, и только около 5 % площади относится к бассейну Западной Двины (истоки рек Уша и Кесты).
Главная водная артерия территории – Березина пересекает его западную окраину в меридианальном направлении на протяжении почти 100 км. Средний уклон реки 0,11‰, на отдельных участках изменяется в пределах 0,05-0,47‰, что наряду с широким распространением рыхлых аллювиальных отложений способствует развитию боковой (меандрирование) эрозии (коэффициент извилистости рек - 2), формированию стариц и старичных озер в пойме. Средняя глубина Березины в межень 1,5-2 м, на перекатах уменьшается до 0,8 – 1 м, на плесах достигает 3-5 м.
Крупнейший левый приток Березины
р. Сергуч пересекает центральную часть заповедника в юго-западном направлении на протяжении 35 км. Её русло в период строительства в 1797-1805 гг. Березинской водной системы во многих местах расширено, спрямлено и заканчивается Сергучским каналом, длиной 8,5 км. Глубина реки выше плотины на канале более 2 м, дно заилено, общий уклон – 0,21‰.
Морфометрические параметры других притоков Березины в пределах заповедника во многом схожи – большая заболоченность водосборов, незначительные глубины 0,3-1,0 м и уклоны 0,2-0,8 ‰. Многие реки перегорожены бобровыми плотинами, заилены и захламлены, в межень пересыхают.
Гидрографическую сеть дополняют
7 озер, общей площадью 1645 га. Самое крупное –
Палик (725 га), представляет естественное расширение русла Березины, является промежуточным базисом эрозии Верхнеберезинской низины, оказывая прямое влияние на миграцию влаги и вещества ландшафтного фундамента. Озера
Ольшица (282 га),
Плавно (314 га) и
Манец (111 га), протянувшиеся длиной около 11 км цепочкой с севера на юг вдоль Главного водораздела, соединены широкими протоками, образованными протекающей через них р. Сергуч. С р. Сергуч связано протокой и оз.
Домжерицкое (191 га), расположенное на северо-западной окраине крупнейшего на территории заповедника Домжерицкого болота. Своеобразны самые маленькие озера –
Московица (16 га) и
Пострежское (6 га). Озерная котловина первого до краев заполнена сапропелем, дренируется р. Московицей, второе, размещенное в центре одноименного верхового болотного массива, - единственное бессточное озеро территории. Все озера мелководны (1,5 – 3 м), интенсивно зарастают. Дно плоское, выстлано сапропелями мощностью до 7 м.
