Ихтиофауна заповедника представлена 1 видом круглоротых (Cyclostomata) и 33 видами костистых рыб (Osteichthyes), входящих в состав 9 семейств, что составляет 58 % от республиканского списка ихтиофауны. Наиболее обычными и многочисленными видами являются щука (Esox lucius L.), плотва (Rutilus rutilus L.), красноперка (Scardinius erythrophtalmus L.), язь (Leuciscus idus L.), пескарь (Gobio gobio L.), лещ (Abramis brama L.), вьюн (Misgurnus fossilis L.), окунь (Percus fluviatilis L.), ерш (Gimnocephalus cernua L.). Наибольшим видовым разнообразием обладают река Березина у южных границ заповедника (отмечено 33 вида) и озеро Палик (31 вид). На остальных водотоках и крупных озерах заповедника (Домжерицкое, Манец, Ольшица, Плавно) встречаются представители лишь трех семейств – карповых (Cyprinidae), вьюновых (Cobitdae) и щуковых (Esocidae). Из краснокнижных видов в заповеднике отмечены единичные находки стерляди (Acipenser ruthenus L.), приходящиеся на конец 50-х – начало 60-х годов и обыкновенного подуста (Chondrostoma nasus L.).
В последние годы на ряде водоемов, расположенных непосредственно на территории заповедника (оз. Плавно), либо неподалеку от его границ (оз. Медзазол) осуществлялся выпуск видов, ранее отсутствовавших в составе местной ихтиофауны (толстолобик, белый амур, карп). Особое опасение вызывает находка в Сергучском канале в окрестностях д. Крайцы в октябре 2007 г. панцирной щуки. Вселение на территорию заповедника инородных видов рыб может негативно сказаться как на кормовой базе, так и на состоянии отдельных видов исторически сложившейся здесь ихтиофауны.
