Охрану территории заповедника осуществляет отдел охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства при активной помощи других специалистов заповедника.
Отдел был создан в 2002 году и в настоящее время в его штате работает 22 человека. Наряду с индивидуальной охраной обходов и рейдами патрулей используются дозоры, засады, дежурства. Наиболее распространенными нарушениями являются ловля рыбы на реке Березине и озерах, а также сбор ягод.
В течение 11 месяцев 2017 года зарегистрировано 145 случаев нарушения природоохранного режима. Всего было наложено штрафов на 16 073 белорусских рублей.
