Охрана лесов заповедника от пожаров и охрана его природного комплекса от различных нарушений (браконьерство, самовольные порубки и пастьба скота, несанкционированное нахождение посторонних лиц на территории, сбор грибов и ягод в неустановленных местах и без лесных билетов) – это важнейшие составляющие в организации мероприятий по соблюдению режима охраны территории заповедника.
Охрану территории заповедника осуществляет отдел охраны леса и лесного хозяйства, а также отдел охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства при активной помощи других специалистов заповедника.
Отдел охраны леса и лесного хозяйства организует охрану всей территории и руководит деятельностью 9 лесничеств: Березинского, Рожнянского, Домжерицкого, Крайцевского, Терешкинского, Заречного, Паликского, Березинского ЭЛОХ и Барсуковского ЭЛОХ.
Штат лесной охраны насчитывает в совокупности 157 человек. Непосредственная охрана территории заповедника осуществляется лесниками и мастерами леса под руководством лесничих.
Наряду с индивидуальной охраной обходов в заповеднике проводятся рейды отделом охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства при участии инспекторов лесничеств, засады, дежурства.
