Охрана лесов заповедника от пожаров и охрана его природного комплекса от различных нарушений (браконьерство, самовольные порубки и пастьба скота, несанкционированное нахождение посторонних лиц на территории, сбор грибов и ягод в неустановленных местах и без лесных билетов) – это важнейшие составляющие в организации мероприятий по соблюдению режима охраны территории заповедника.
Охрану территории заповедника осуществляет отдел охраны леса и лесного хозяйства, а также отдел охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства при активной помощи других специалистов заповедника.
Отдел охраны леса и лесного хозяйства организует охрану всей территории и руководит деятельностью 9 лесничеств: Березинского, Рожнянского, Домжерицкого, Крайцевского, Терешкинского, Заречного, Паликского, Березинского ЭЛОХ и Барсуковского ЭЛОХ.
Штат лесной охраны насчитывает в совокупности 157 человек. Непосредственная охрана территории заповедника осуществляется лесниками и мастерами леса под руководством лесничих.
Наряду с индивидуальной охраной обходов в заповеднике проводятся рейды отделом охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства при участии инспекторов лесничеств, засады, дежурства.
Очень продуктивную работу по охране животного и растительного мира проводит специально созданный в 2002 году отдел охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства (численность 22 человека), а также инспектора по охране природы, имеющиеся в штате всех лесничеств.
За январь - ноябрь 2017 года отделом охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства проведено 436 рейдов, в ходе них выявлено 145 случаев нарушения природоохранного законодательства, изъято 262,5 м сетей, 20 единицы запрещенных средств для сбора ягод. Наложено штрафов на сумму 16 073 бел. руб., предъявлено исков на возмещение ущерба на сумму 23 024,3 бел. руб.
За отделом охраны животного мира, водоемов и охотничьего хозяйства закреплены автомобиль, квадроцикл, снегоход, моторная лодка, 4 элетрошокера. Квадроцикл и снегоход решают проблему патрулирования работниками территории в сложнейших условиях. Они проходят там, где другой вид транспорта пробраться уже не может.
Посещение территории заповедника посторонними лицами регламентируется разрешениями, выдаваемыми администрацией заповедника. Разрешен транзитный проезд через территорию заповедника по автомобильным дорогам Минск-Витебск и Докшицы-Лепель. По территории заповедника запрещено движение автотранспорта вне дорог.
В заповедной зоне сбор грибов и ягод разрешается только местным жителям. Разрешение на рыбную ловлю кроме них имеют и лица, проживающие в гостинице, гостиничных домиках. На нарушителей заповедного режима составляются протоколы, добытая продукция изымается. После составления протокола решается вопрос о мере наказания.
Для нужд местного населения разрешается уборка захламленности, сухостойных, ветровальных и буреломных деревьев.
