В августе 1951 года Березинский заповедник упразднен согласно подписанному И.В. Сталиным Постановлению СМ СССР № 3192 от 29 августа 1951 года «О заповедниках». Постановлением СМ БССР № 1226 от 21 сентября 1951 года заповедник был закрыт, а принадлежавшие ему земли, леса и имущество были переданы в ведение Министерства лесного хозяйства БССР. Приказом Министерства лесного хозяйства БССР № 359 от 15 декабря 1951 года на землях бывшего заповедника организован Великоречский лесхоз. Для охраны охотничье-промысловых видов животных в границах бывшего заповедника организован охотничий заказник республиканского значения. Леса подвергаются усиленной эксплуатации. Интенсивная рубка спелых насаждений отрицательно сказалась на численности фауны.
В 1951 году в порядке обмена в Кампиноскую пущу (Польша) из Березинского заповедника были перевезены 5 особей (2 самца и 3 самки) лося европейского. В озеро Палик с целью акклиматизации была выпущена американская норка (1953 – 1954 годы), которая впоследствии расселилась по всему бассейну верховья реки Березины. В 1955, 1963 и 1965 годах в Березинский заповедник в целях реакклиматизации из Воронежского заповедника был завезен европейский благородный олень (всего за три завоза в леса заповедника было выпущено 81 животное).
Постановлением Совета Министров БССР от 5 мая 1958 года Березинский заповедник был восстановлен в прежних границах (на площади 67 276 га). В первые 10 лет после восстановления здесь успешно выполняли зоологические и лесоводственно-ботанические исследования ученые АН БССР, ими проделана инвентаризация флоры и фауны. Общее руководство деятельностью заповедника было возложено на Главное управление лесного хозяйства при Совете Министров БССР.
В марте 1959 года утверждено новое Положение «О Березинском государственном заповеднике», в котором были определены его основные цели и задачи. Методическое руководство научно-исследовательской работой было возложено на Академию наук БССР. После восстановления заповедника в его составе начал функционировать научный отдел, начато проведение многолетних (1959 – 1968 годы) стационарных исследований фауны паразитов и паразитарных заболеваний диких животных. Основное внимание уделялось изучению гельминтозов копытных и хищных млекопитающих. Создана очередная экспозиция зоологического музея. Постановлением СМ БССР № 480 от 29 августа 1960 года Березинский заповедник передан в подчинение Государственному комитету СМ БССР по охране природы.
В 1961 году проведен очередной тур лесоустройства территории заповедника силами Минской экспедиции Белорусского аэрофотолесоустроительного треста ВО «Леспроект» на площади 71,450 тыс. га. В 1965 году после проведения дополнительного комплексного лесоохотоустройства к заповеднику были присоединены земли двух колхозов, расположенных внутри его границ. Общая площадь увеличилась до 76,2 тыс.га.
В 1966 году московской экспедицией института «Союзгипролесхоз» разработан комплексный проект организации и развития Березинского заповедника, по существу представляющий первый охотоустроительный проект. В декабре 1966 года в Березинский заповедник завезено из Беловежской пущи 5 зубров, которые помещены в вольеры. Приказом Министерства сельского хозяйства СССР № 96 от 12 апреля 1967 года «О мерах по улучшению работы государственных заповедников» предписано принять меры к прекращению выпаса скота и заготовки сена на территории государственных заповедников. Постановлением СМ БССР № 33 от 30 января 1968 года Березинский заповедник передан в подчинение Министерству лесного хозяйства БССР.
В 1969 году заповедник передается в непосредственное подчинение Главному управлению по охране природы, заповедникам, охотничьему хозяйству Министерства сельского хозяйства СССР, как имеющий общесоюзное значение. С этого времени начинается становление Березинского заповедника как полноценного научно-исследовательского учреждения природоохранного профиля. Повышается уровень научных исследований, приводится в соответствие с целевым направлением и основными задачами заповедника тематика научных работ, увеличиваются штаты сотрудников. Научным отделом заповедника начато выполнение многолетней непрерывной темы «Динамика явлений и процессов в природных комплексах Березинского заповедника. Летопись природы».
Разработано и утверждено Заместителем Министра сельского хозяйства СССР И. Воловченко 9 декабря 1970 года новое Положение о Березинском государственном заповеднике, в котором заповедник определялся как научно-исследовательское учреждение, созданное для сохранения в естественном состоянии типичного участка природы северной части БССР в подзоне елово-широколиственных лесов. Начаты гидробиологические исследования на озерах Палик и Домжерицкое, позволившие получить данные о видовом составе и биомассе фитопланктона, зоопланктона и зообентоса. Березинским заповедником через издательство «Ураджай» начато издание сборника научных трудов «Березинский заповедник. Исследования». Всего было издано 4 выпуска.
В 1971 году утверждаются научные профили государственных заповедников системы союзного подчинения. В связи с этим основными направлениями научных исследований Березинского заповедника стали комплексное изучение природы хвойных и хвойно-широколиственных лесов, сфагновых болот и других элементов ландшафта Верхнеберезинской низменности; выяснение гидрологической роли болот в верховьях реки Березины; разработка методов охраны, воспроизводства и рационального использования природных ресурсов Верхнеберезинской низменности, изучение биологических, экологических и морфофизиологических особенностей наиболее ценных популяций растений и животных. На территории заповедника впервые выделяется абсолютно-заповедная зона (ядро) на площади 12,0 тыс. га.
В 1972 году в Березинском заповеднике по инициативе Главного управления по охране природы, заповедникам, лесному и охотничьему хозяйствам МСХ СССР начаты работы по искусственному разведению тетеревиных птиц (глухаря) в неволе с целью разработки рекомендаций по кормлению и содержанию молодняка и взрослых птиц с перспективой создания лаборатории дичеразведения и опытного питомника для глухарей (до 1990 года). Установлена охранная зона по периметру заповедника шириной 2 км на территории Витебской области (распоряжение Совета Министров БССР № 519 от 30 июня 1972 года). Распоряжением Совета Министров БССР № 519 от 30 июня 1972 года с 1975 года прекращен плотогонный и баржевой сплав леса по реке Березине и оз. Палик в пределах территории заповедника.
В 1973 году
установлена охранная зона по периметру заповедника шириной 1 км на территории Минской области (распоряжение Совета Министров БССР № 135 от 9 марта 1973 года). На каналах Березинской водной системы у деревень Кветча и Волова Гора завершено (1972 - 1973 годы) строительство новых шлюзов-регуляторов.
В 1974 году закончено строительство первой очереди центральной усадьбы заповедника у д. Домжерицы – административно-лабораторного корпуса и музея, школы на 320 мест со спальным корпусом на 120 мест, гостиницы на 95 мест, двух жилых домов на 8 квартир, котельной, инженерных сетей и очистных сооружений. По решению Главприроды МСХ СССР на территорию заповедника весной было выпущено 5 беловежских зубров (1 самец и 4 самки) из зубропитомника Приокско-Террасного заповедника, которые были размещены во временном вольере в урочище Увязок южной части заповедника. Все экспонаты зоологического музея перевезены из д. Крайцы в новое помещение в д. Домжерицы.
В 1975 году управление заповедником перемещено из д. Крайцы в д. Домжерицы на новую центральную усадьбу с лабораторно-административным корпусом и жилой зоной. 5-7 мая 1975 года в д. Домжерицы проведена научная конференция «Современные задачи государственных заповедников лесной зоны европейской части СССР», посвященная 50-летию Березинского государственного заповедника.
В 1976 году проведено очередное лесоустройство территории Березинского заповедника. Белорусским лесоустроительным предприятием ВО «Леспроект» разработан Проект организации и ведения заповедного хозяйства Березинского государственного заповедника Главного управления по охране природы, заповедникам и охотничьему хозяйству Министерства сельского хозяйства СССР на 1977 - 1996 годы. Площадь заповедника составила 76 201 га. Демонстрационные вольеры перенесены из Крайцевского лесничества в Домжерицкое и расположены у поворота на центральную усадьбу заповедника. Осуществлен повторный завоз 6 беловежских зубров (4 самца и 2 самки) из зубропитомника Приокско-Террасного заповедника и выпуск их на волю без передержки в вольерах.
В 1977 году
начаты опыты по искусственному разведению серой куропатки в дичепитомнике заповедника. 4 - 9 июля 1977 года на базе объектов стационарных исследований почв Березинского заповедника были проведены экскурсии для участников V Всесоюзного съезда почвоведов. 29 ноября -2 декабря 1977 года в д. Домжерицы на базе Березинского заповедника проведено Всесоюзное совещание «Природные заповедники и основные принципы их работы». Постановлением Совета Министров БССР № 415 от 30 декабря 1977 года установлено, что проведение изысканий, проектирование и строительство мелиоративных систем и торфопредприятий в 5-километровой зоне от границ заповедника осуществляется по согласованию с дирекцией заповедника, Академией наук БССР и Государственным комитетом Совета Министров БССР по охране природы, т.е. создана так называемая гидрологическая зона.
В 1978 году
на центральной усадьбе заповедника в д. Домжерицы начаты работы по созданию и закладке ландшафтно-экологического парка (дендропарка) и оформление его экспозиций на общей площади 4 га.
В 1979 году Березинский заповедник включается в мировую сеть биосферных заповедников, созданных в рамках постоянной Программы «Человек и биосфера» (МАБ) ООН по вопросам образования, науки и культуры (ЮНЕСКО). В связи с этим сотрудники заповедника приступили к выполнению трех долгосрочных проектов МАБ (№ 2, №8а,б, №14), которые способствуют созданию научно-методических основ комплексного экологического мониторинга состояния природной среды зоны хвойно-широколиственных лесов Европы. Территория Березинского заповедника дифференцируется на участки с различным режимом охраны (ядро, буферная, охранная зоны). Согласно приказу Управления гидрометслужбы БССР с 1 января 1979 года начинает функционировать станция фонового мониторинга, задачи которой заключаются в слежении за общим состоянием геофизических сред и связанных с ним состоянием экосистем, антропогенным воздействием в зоне расположения заповедника, фиксировании изменений в основных ландшафтах заповедника.
Решением Витебского областного Совета народных депутатов № 431 от 12 сентября 1980 года с целью охраны закрепленных охотничьих угодий и ведения на них охотничьего хозяйства создано приписное охотничье хозяйство «Барсуки» Березинского государственного заповедника со штатной егерской службой на площади 12,0 тыс. га. На станции фонового мониторинга «Березинский заповедник» была организована химическая лаборатория и начаты работы по полной программе комплексного фонового мониторинга на трех уровнях: глобальному, направленному на слежение за общим состоянием геофизических сред и связанным с ним состоянием экосистем; региональному, обеспечивающему организацию наблюдения за состоянием окружающей среды в зоне расположения заповедника; локальному, направленному на фиксирование изменений в основных ландшафтах заповедника.
В 1982 году
построены новые демонстрационные вольеры с дикими животными на территории Рожнянского лесничества у д. Рожно.
Коллективом художников Витебских художественных мастерских под руководством Михаила Федоровича Глушко создана принципиально новая экспозиция Музея природы Березинского заповедника (1981 – 1983 годы) в административном здании в д. Домжерицы.
В 1983 году в Минске и на базе Березинского биосферного заповедника был проведен первый Международный конгресс по биосферным резерватам, организованный ЮНЕСКО, Программой ООН по окружающей среде (UNEP), Сельскохозяйственной и Продовольственной организацией ООН (FAO) и Международным союзом охраны природы (IUSN). В результате работы этого Конгресса был принят (1984 год) «План действий по биосферным резерватам» на 1984 - 1994 годы, который был утвержден Генеральной конференцией ЮНЕСКО и Административным советом ЮНЕР (UNEP). Завершено строительство в д. Домжерицы первого в БССР Дома экологического просвещения на особо охраняемых природных территориях.
В июне 1985 года Березинский биосферный заповедник посетил известный английский натуралист Джеральд Даррелл с супругой с целью съемки 11-й серии "Березина. Дети и природа" документального научно-популярного телевизионного фильма о природе СССР «Даррелл в России».
В 1987 году на центральной усадьбе заповедника в д. Домжерицы произведена реконструкция котельной путем установки 6-ти отопительных котлов на жидком топливе.
С августа 1991 года Березинский заповедник вышел из союзного подчинения и находился в ведении Главного управления производственно-хозяйственных служб и заповедников Совета Министров Республики Беларусь.
С 4 августа 1994 года указом Президента Республики Беларусь за №19 Березинский биосферный заповедник находится в ведении Управления делами Президента Республики Беларусь. В этом же году заповедник включен в число биогенетических.
В 1995 году Березинский биосферный заповедник награжден Европейским дипломом. В 2000, 2005, 2010 и 2020 годах статус Диплома успешно подтверждался.
С 1998 года заповедник является территорией, важной для птиц международного значения.
Разработано и утверждено Управляющим делами Президента Республики Беларусь И.И. Титенковым 28 января 1999 года новое Положение о Березинском биосферном государственном заповеднике Республики Беларусь.
15 августа 1999 года подписано Соглашение о международном сотрудничестве между Березинским биосферным заповедником и Кампиноским национальным парком (Польша).
Научным отделом заповедника завершены комплексные работы по восстановлению и повторной таксации сети постоянных пробных площадей в лесных и болотных экосистемах заповедника (1996 – 2000 годы).
В 2000 году подписано новое соглашение о международном сотрудничестве между Березинским биосферным заповедником и региональным природным парком, биосферным резерватом «Северные Вогезы» из Франции.
Разработан и утвержден приказом Управляющего делами Президента Республики Беларусь № 148 от 21.06.2001 УСТАВ государственного природоохранного учреждения «Березинский биосферный заповедник».
Научным отделом заповедника начато выполнение темы «Структурно-функциональный анализ состояния и динамики экосистем Березинского заповедника и научные основы их сбережения», сроки выполнения 2001 – 2005 годы.
Разработан и утвержден Управляющим делами Президента Республики Беларусь Журавковой Г.А. Проект территориальной организации Березинского государственного биосферного заповедника.
Постановлением Национальной академии наук Беларуси № 544 от 7 октября 2004 года утвержден Порядок координации и проведения научно-исследовательской деятельности на особо охраняемых природных территориях.
Комитет министров Совета Европы принял решение о продлении действия Европейского Диплома для охраняемых территорий высшей категории А Березинскому биосферному заповеднику на период до 2010 года. Решение принято 15 июня 2005 года.
Березинский биосферный заповедник включен в Международную сеть территорий, важных для птиц (Important Bird Areas – IBA, код ТВП BY005), природных территорий, которые имеют исключительную важность для сохранения редких и исчезающих видов птиц, а также для поддержания биологического разнообразия в целом.
Принято Постановление Совета Министров Республики Беларусь № 1919 от 29 декабря 2007 года о планируемом увеличении площади Березинского биосферного заповедника до 85 500 гектаров (Схема рационального размещения особо охраняемых природных территорий республиканского значения до 1 января 2015 года).
Подписан меморандум о трехстороннем сотрудничестве между Березинским биосферным заповедником (Беларусь), биосферным заповедником Северные Вогезы (Франция) и Кампиноским национальным парком (биосферным заповедником «Пуща Кампиноска») (Польша), 21 февраля 2007 года.
31.05.2007 года заключен Договор о научном сотрудничестве между Березинским биосферным заповедником и Отделом Биологии Университета г. Турку (Финляндия).
Проведено очередное лесоустройство территории Березинского биосферного заповедника. Лесоустроительным республиканским унитарным предприятием «Белгослес» разработан Проект организации и ведения лесного хозяйства ГПУ «Березинский биосферный заповедник» на 2009 – 2018 годы. Площадь заповедника составила 85 192 га.
Разработан и утвержден Управлением делами Президента Республики Беларусь первый План управления ГПУ «Березинский биосферный заповедник» на 2009 – 2013 годы.
Березинский биосферный заповедник включен в Список Рамсарских угодий – водно-болотных территорий, имеющих важное международное значение главным образом в качестве местообитаний водоплавающих птиц. Решение принято 25 января 2010 года, территория № 1927.
Комитет министров Совета Европы принял решение продлить на десять лет до 2020 года Европейский Диплом для охраняемых территорий высшей категории А, присужденный Березинскому биосферному заповеднику. Продление действия Диплома является признанием усилий Республики Беларусь, направленных на достижение экологических целей заповедника и гарантию его устойчивого управления. Решение принято 16 сентября 2010 года.
Березинский биосферный заповедник стал членом Всемирной сети образовательных центров по водно-болотным угодьям – Wetland Link International (WLI), целью которой является улучшение распространения знаний о водно-болотных угодьях и лучшего понимания общемирового значения этих экосистем. Сертификат выдан 25 января 2011 года.