Балоты займаюць плошчу 52,0 тыс. га, што складае 61,2% ўсёй тэрыторыі запаведніка. У адпаведнасці з класіфікацыяй балотных правінцый Еўропы, тэрыторыя Бярэзінскага запаведніка аднесена да Ладожско-Ильменско-Западнодвинской правінцыі шыракалістых лясоў і выпуклых грядово-мочажинных балот. Яго балотная сістэма ўваходзіць у Островецко-Лепельскі тарфяной раён вобласці верхавых тарфянікаў узгорыста-азёрнага ландшафту. Балотныя масівы і асобныя балоты запаведніка ўзаемазвязаны паміж сабой, а таксама з азёрамі, ляснымі рэчкамі і ручаямі і складаюць адзіную комплексную водна-балотную сістэму, якая характарызуецца наяўнасцю ўсіх вядомых для вобласці тыпаў, катэгорый і раслінных асацыяцый балот.
Пераважным тыпам балот у запаведніку з'яўляюцца нізінныя балоты (54,4% ад усёй плошчы балот). Для іх характэрныя моцная проточность вод і значная абводненыя ў вясновы перыяд. Летам ўзровень вод зніжаецца. Такі гідралагічны рэжым абумоўлівае вялікае багацце і разнастайнасць як відаў раслін, так і фітацэнозаў. З лесаўтваральных парод тут растуць вольха чорная, бяроза пухнатая, елка, радзей хвоя. У напочвенном покрыве – багацце балотнага разнатраўя і асака. Найбольш тыповыя прадстаўнікі нізінных балот – асака падоўжаная, асака вострая, асака пакунку пад плястыкавым, трыснёг звычайны, белакрыльнік балотны.
Некалькі меншую плошчу (35,3% ад усіх балот запаведніка) займаюць пераходныя балоты, якія характарызуюцца сярэдняй обводненностью. Яны прадстаўлены двума катэгорыямі: пераходныя адкрытыя і пераходныя лясныя сасновыя і пушистоберезовые. Проточность іх можа змяняцца ад вельмі слабой да значнай, таму склад расліннага покрыва моцна вар'іруе, пераважаюць хваёвыя і пушистоберезовые осоково-сфагнавыя супольнасці. У фарміраванні расліннасці прымаюць удзел як евтрофные, так і мезо - і олиготрофные віды балотных раслін. Найбольш характэрныя для пераходных балот: вахта трохліставая, шабельнік балотны, асака ўздутая і інш Сярод хмызнякоў – вярба папяльцовая, бяроза прысадзістая, мірт балотны.
10,3% плошчы ўсіх балот запаведніка прыпадае на балоты верхавога тыпу. Характэрнымі прыкметамі верхавых балот з'яўляецца развіццё ў покрыве алігатрофных відаў сфагнавых імхоў і выпуклае будынак тарфяной залежы, а таксама толькі атмасферны характар воднага харчавання.
У запаведніку выдзелена дзве катэгорыі верхавых балот: адкрытыя або бязлесных і сасновыя лясныя. Бязлесныя балоты прадстаўлены такімі асацыяцыямі як кустарничково-падвейна-сфагнавыя, осоково-сфагнавыя і шейхцериево-сфагнавыя, прычым дзве апошнія ўяўляюць сабой грядово-мочажинный комплекс. Для яго характэрна выразная дыферэнцыяцыя расліннасці: шейхцерия балотная, асака топяная, топяные віды сфагнума, на градах – хмызнячкі верасовых, политрихум альпійскі, адзінкавыя дрэвы хвоі, сфагнумы буры і магелланский. Лясныя верхавыя балоты прадстаўлены падвейна-сфагновой, падвейна-кустарничково-сфагновой і багульниково-сфагновой асацыяцыямі хвойніку сфагнавага.
