Гідраграфічныя сетку тэрыторыі добра развіта (сярэдняя гушчыня рачной сеткі складае 0,41 км./км2) і прадстаўлена 69 рэкамі з пастаянным і сезонным цягам. Агульная даўжыня іх 280 км, працягласць большасці рэк (80%) не перавышае 5 км.
Асноўная плошча запаведніка (больш 95%) належыць басейна Бярэзіны, аднаго з буйнейшых прытокаў Дняпра, і толькі каля 5 % плошчы ставіцца да басейна Заходняй Дзвіны (вытокі рэк Уша і Кесты).
Галоўная водная артэрыя тэрыторыі – Бярэзіна перасякае яго заходнюю ўскраіну у меридианальном напрамку на працягу амаль 100 км. Сярэдні ўхіл ракі 0,11‰, на асобных участках змяняецца ў межах 0,05-0,47‰, што разам з шырокім распаўсюджваннем друзлых алювіяльных адкладаў спрыяе развіццю бакавой (меандрирование) эрозіі (каэфіцыент звілістай рэк - 2), фарміраванню старыц і старичных азёр у пойме. Сярэдняя глыбіня Бярэзіны ў межань 1,5-2 м, на перекатах памяншаецца да 0,8 – 1 м, на плёс дасягае 3-5 м.
Найбуйнейшы левы прыток Бярэзіны р. Сергуч перасякае цэнтральную частку запаведніка ў паўднёва-заходнім напрамку на працягу 35 км. Яе рэчышча ў перыяд будаўніцтва ў 1797-1805 гг. Бярэзінскай воднай сістэмы ў многіх месцах пашырана, спрямлено і заканчваецца Сергучским каналам, даўжынёй 8,5 км. Глыбіня ракі вышэй плаціны на канале больш за 2 м, дно заилено, агульны ўхіл – 0,21‰.
Морфометрические параметры іншых прытокаў Бярэзіны ў межах запаведніка шмат у чым падобныя – вялікая забалочаныя вадазбору, нязначныя глыбіні 0,3-1,0 м і ўхілы 0,2-0,8 ‰. Многія ракі перагароджаныя бобровыми плаціна, заилены і захламлены, у межань перасыхаюць.
Гідраграфічныя сетку дапаўняюць 7 азёр, агульнай плошчай 1645 га. Самае буйное – Палiк (725 га), уяўляе сабой натуральнае пашырэнне рэчышча Бярэзіны, з'яўляецца прамежкавым базісам эрозіі Верхнеберезинской нізіны, аказваючы прамое ўплыў на міграцыю вільгаці і рэчывы ландшафтнага падмурка. Возера Альшыца (282 га), Плаўна (314 га) і Манец (111 га), які працягнуўся даўжынёй каля 11 км ланцужком з поўначы на поўдзень уздоўж Галоўнага водападзелу, злучаныя шырокімі пратокамі, адукаванымі якая працякае праз іх. р. Сергуч. З р. Сергуч звязана пратокай і воз. Домжарыцкае (191 га), размешчанае на паўночна-заходняй ускраіне буйнейшага на тэрыторыі запаведніка Домжарыцкага балота. Своеасаблівыя самыя маленькія азёры – Масковiца (16 га) і Пастрэжскае (6 га). Азёрная катлавіна першага да краёў запоўнена сапрапелем, асушаных р Московицей, другое, размешчанае ў цэнтры аднайменнага верхавога балотнага масіва, - адзінае бясцёкавыя возера тэрыторыі. Усе возера мелководны (1,5 – 3 м), інтэнсіўна зарастаюць. Дно плоскае, выслана сапропелями магутнасцю да 7 м.