Арганізацыя Бярэзінскага дзяржаўнага запаведніка была прадыктавана вельмі бядотным станам прыродных рэсурсаў Беларусі. У гады ваеннай разрухі (1914-1921 гг.) на велізарных плошчах загінулі лесу, рэзка скарацілася колькасць многіх відаў дзікіх жывёл. У рэспубліцы на мяжы знікнення апынуліся лось, алень, казуля, дзік, мядзведзь, выдра, куніца, рэдкімі сталі глушэц, цецярук і іншыя віды. Унікальная знаходка прафесарам А. У Федюшиным калоніі рачнога бабра у вярхоўях ракі Беразіны, які лічыўся ўжо цалкам знішчаным, прадвызначыла пытанне аб тэрміновай аб'яве запаведнай тэрыторыі. 30 студзеня 1925 года пастановай Савета Народных Камісараў БССР быў заснаваны першы ў БССР Дзяржаўны паляўнічы запаведнік, мэта якога заключалася ў ахове і размнажэнні каштоўных дзікіх жывёл і птушынай дзічыны, у асаблівасці рачных баброў.
Гэтай пастановай забаранялася « … вытворчасць усякага палявання і ў розныя часы года, акрамя выпадкаў адмысловага дазволу Наркамзема для навуковых мэтаў». Спынялася таксама рубка лесу, акрамя выпадкаў неабходнай уборкі мёртвых дрэў. Для наладжвання дзейснай аховы тэрыторыі, жывёльнага і расліннага свету забараняняўся сплаў лесу па рэках, а таксама прадугледжвалася « … высяленне з межаў запаведніка жыхароў тых хутароў і пасёлкаў, размяшчэнне якіх з'яўляецца шкодным і не адказвае мэтам запаведніка».
Першапачатковая плошча запаведніка была роўная 43345 десятинам (каля 60 тыс. га). Наркомзем распрацаваў палажэнне аб запаведніку. У яго склад уваходзілі два лясніцтва – Великоречское і Бярэзінскае. Знешнія межы ўсталёўваліся па існуючых дарогах. У 1928 годзе праходзіла першае лесаўпарадкавання і ссяленне хутароў. На іх месцы закладваліся лясныя ўгоддзі. Паступова ў запаведніку пачала праводзіцца навукова-даследчая праца. У 30-х гадах тут былі арганізаваны бабровая ферма, лосиный гадавальнік, створаны музей, сталі ўлічвацца жывёлы. Узмацненне аховы дабратворна адбілася на павелічэнні колькасці многіх відаў жывёл, асабліва баброў, ласёў і дзікоў. Бярэзінскі бобр быў не толькі захаваны, але і добра расселены ў іншыя вобласці краіны.
У ваенны перыяд з 1941 па 1945 гады дзейнасць запаведніка была спыненая. У перыяд часовай нямецка-фашысцкай акупацыі запаведніку быў нанесены велізарны ўрон: страчаны ўсе фондавыя навуковыя матэрыялы, разбураныя музей, бабровая ферма, ласіны гадавальнік, знішчаны калекцыі, спалены адміністрацыйныя і амаль усе жылыя будынкі. Тэрыторыя запаведніка стала базай партызанскага руху: месцам фарміравання, адпачынку і хованкі многіх партызанскіх атрадаў і брыгад.
Пасля вызвалення Беларусі, у ліпені 1944 года, урад рэспублікі прыняў адмысловую пастанову аб аднаўленні дзейнасці Бярэзінскага запаведніка. Паскоранымі тэмпамі будуюцца адміністрацыйныя і жылыя памяшканні, наладжваецца ахова запаведных тэрыторый, рэгулярна праводзяцца ўлікі дзікіх жывёл, ствараюцца лесагадавальнік, бабровая ферма, новы музей, арганізуецца навуковы аддзел. Задачы навуковага аддзела заключаліся ў распрацоўцы методык клеткавага гадоўлі баброў для даль-но ўкаранення іх у зверагадоўля.
У жніўні 1951 года Бярэзінскі запаведнік скасаваны, на яго тэрыторыі арганізуецца рэспубліканскі паляўнічы заказнік. Лясы падвяргаюцца узмоцненай эксплуатацыі. Інтэнсіўная высечка спелых насаджэнняў адмоўна адбілася на колькасці паляўніча-прамысловай фауны.
Пастановай Савета Міністраў БССР ад 5 траўня 1958 года Бярэзінскі запаведнік быў адноўлены ў ранейшых межах. У першыя 10 гадоў пасля аднаўлення тут паспяхова выконвалі заалагічныя і лесоводственно-батанічныя даследаванні навукоўцы АН БССР, імі праведзена інвентарызацыя флоры і фауны.
У 1965 годзе пасля правядзення дадатковага комплекснага лесоохотоустройства да запаведніку былі далучаны зямлі двух калгасаў, размешчаных ўнутры яго межаў. Агульная плошча павялічылася да 76, 2 тыс. га.
У 1969 годзе запаведнік перадаецца ў непасрэднае падпарадкаванне Галоўнаму ўпраўленню па ахове прыроды, запаведнікаў, паляўнічай гаспадарцы міністэрства сельскай гаспадаркі СССР, як мае агульнасаюзнае значэнне. З гэтага часу пачынаецца станаўленне Бярэзінскага запаведніка як паўнавартаснага навукова-даследчага ўстановы прыродаахоўнага профілю. Павышаецца ўзровень навуковых даследаванняў, прыводзіцца ў адпаведнасць з мэтавым накіраваннем і асноўнымі задачамі запаведніка тэматыка навуковых работ, павялічваюцца штаты супрацоўнікаў.
У 1971 годзе зацвярджаюцца навуковыя профілі дзяржаўных запаведнікаў сістэмы саюзнага падпарадкавання. У сувязі з гэтым асноўнымі напрамкамі навуковых даследаванняў Бярэзінскага запаведніка сталі комплекснае вывучэнне прыроды іглічных і іглічна-шыракалістых лясоў, сфагнавых балот і іншых элементаў ландшафту Верхнябярэзінскай нізіны; высвятленне гідралагічнай ролі балот у верхняга цячэння ракі Бере-зіны; распрацоўка метадаў аховы, аднаўлення і рацыянальнага выкарыстання прыродных рэсурсаў Верхнеберезинской нізіны, вывучэнне біялагічных, экалагічных і морфафізіялагічныя асаблівасцяў найбольш каштоўных папуляцый раслін і жывёл.
Для паспяховага выканання навуковых даследаванняў у запаведніку пракладваюцца тры геоботанических профілю, якія перасякаюць ў паўночнай, цэнтральнай і паўднёвай яго частках усе элементы ландшафту. Профілі ўключаюць пастаянныя пробныя плошчы, гідралагічныя свідравіны. Адначасова арганізуюцца два стацыянара ў балотных хвойніках і адзін у мурожных. Стацыянары абсталёўваюцца шырокім наборам прыбораў і рэгіструючых прылад. Пачынаецца этап стацыянарных назіранняў па ацэнцы стану асобных папуляцый і фауністычных комплексаў, праводзіцца сачэнне за развіццём біёты пад уздзеяннем натуральных і антрапагенных фактараў. Комплексныя даследаванні біёты дазволілі выявіць разнастайнасць як жывёльнага, так і расліннага свету. А наяўнасць на тэрыторыі запаведніка карэнных цнатлівых хваёвых, черноольховых і пушистоберезовых балотных лясоў, якія можна аднесці да унікальным прыродным комплексам Еўрапейскага кантынента падняло значэнне запаведніка да сусветнага ўзроўню.
У 1979 годзе Бярэзінскі запаведнік уключаны ў сусветную сетку біясферных за-поведников, створаных у рамках пастаяннай Праграмы «Чалавек і біясфера» (МАБ) ААН па пытаннях адукацыі, навукі і культуры (ЮНЕСКА). У сувязі з гэтым супрацоўнікі запаведніка прыступілі да выканання трох доўгатэрміновых праектаў МАБ (№ 2, №8а,б, №14), якія спрыяюць стварэнню навукова-метадычных асноў комплекснага экалагічнага маніторынгу стану прыроднага асяроддзя зоны іглічна-шыракалістых лясоў Еўропы.
Тэрыторыя Бярэзінскага запаведніка дыферэнцыруецца на ўчасткі з розным рэжымам аховы (ядро, буферная, ахоўная зоны). Пачынае функцыянаваць станцыя фонавага маніторынгу, задачы якой заключаюцца:
а) у сачэнні за агульным станам геафізічных асяроддзяў і звязаных з ім станам экасістэм;
б) у сачэнні за антрапагенным уздзеяннем у зоне размяшчэння запаведніка;
у) у фіксаванні змяненняў у асноўных ландшафтах запаведніка.
З жніўня 1991 году Бярэзінскі запаведнік выйшаў з саюзнага падпарадкавання і знаходзіўся ў падпарадкаванні Галоўнага ўпраўлення вытворча-гаспадарчых службаў i запаведнікаў Савета Міністраў Рэспублікі Беларусь.
З 4 жніўня 1994 году указам Прэзідэнта Рэспублікі Беларусь за №19 Бярэзінскі біясферны запаведнік знаходзіцца ў падпарадкаванні Упраўлення справамі Прэзідэнта Рэспублікі Беларусь. У гэтым жа годзе запаведнік уключаны ў лік биогенетических.
У 1995 годзе Бярэзінскі біясферны запаведнік узнагароджаны Еўрапейскім дыпломам. У 2000, 2005 і 2010 гадах статус Дыплома паспяхова пацвярджаўся. З 1998 года запаведнік з'яўляецца тэрыторыяй, важнай для птушак міжнароднага значэння.
