Одними из основных задач Березинского биосферного заповедника являются обеспечение сохранения в естественном состоянии ценных природных объектов и проведение мероприятий по восстановлению мест обитания диких животных и мест произрастания дикорастущих растений, относящихся к видам, включенным в Красную книгу Республики Беларусь. В заповеднике обитает 118 редких и находящихся под угрозой исчезновения видов диких позвоночных и беспозвоночных животных, а также произрастает 114 видов дикорастущих растений и грибов, включенных в 5-е издание Красной книги Беларусь.

В заповедных лесах и в прибрежных полосах живут 10 редких видов млекопитающих: сони — садовая и полчок, рукокрылые — северный кожанок, малая вечерница, а также исчезающий вид — прудовая ночница. Здесь обитает гигант белорусского леса — зубр, и такие хищные звери, как бурый медведь и рысь, горностай и барсук.

По последним данным, 62 вида «краснокнижных» пернатых зарегистрировано в заповеднике. Его территория служит пристанищем для таких пролетных, оседлых и гнездящихся видов птиц, находящихся на грани исчезновения, как белоглазая чернеть и луток, белая куропатка и сизоворонка, большой подорлик и беркут, кобчик и сапсан.

На территории заповедника отмечены 2 вида редких земноводных – гребенчатый тритон и камышовая жаба, а также 1 вид пресмыкающихся – болотная черепаха. Эти виды амфибий и рептилий отнесены к категориям уязвимых и потенциально уязвимых в Беларуси, и их популяции в целом наименее подвержены всесторонним факторам угрозы.

Из включенных в Красную книгу видов рыб в заповедной Березине в конце 50-х – начале 60-х годов отмечались единичные находки стерляди. Этот редко встречающийся вид осетровых в Беларуси имеет первую, наивысшую категорию природоохранного значения.

Самые редкие беспозвоночные Березинского представлены 1 видом двустворчатых моллюсков – перловица толстая, 1 видом паукообразных – паук сплавной большой, и 40 видами насекомых. Жук слизнеед четырехбороздчатый и бабочка перламутровка альпийская – редчайшие представители насекомых, распространенных в заповеднике.

Больше всего заповедных «краснокнижников» из числа сосудистых растений – 68 видов. Самые редкие из высших растений – папоротник ботрипус пупавковидный, орхидеи бровник одноклубневый и офрис насекомоносная, осоки – болотолюбивая и птиценожковая, а также цинная широколистная, звездчатка толстолистная и камнеломка болотная.

В Березинском произрастает 12 охраняемых видов мхов и печеночников, из которых схистостега перистая — наиболее редкая из всех мохообразных. Этот крошечный мох, впервые включенный в Красную книгу в 2025 году, в тот же год был найден в заповеднике.

В заповедных водоемах растёт всего 5 видов редких водорослей, из которых представители диатомовых, иконелла искривленная и пиннулярия полионка, находятся на грани исчезновения. Обнаружение иконеллы (стеноптеробии) искривленной в уникальном озере Пострежское заповедника является единственным случаем в Республике Беларусь.

Две трети всего количества «краснокнижных» лишайников отмечены в Березинском биосферном заповеднике – 19 видов. Самыми редкими здешними представителями отдела Аскомицеты являются хенотека тонкая, скитиниум тонкий, кладония дернистая, рамалина длинноволосатая, пельтигера пупырчатая и уснеи – ороговевшая и цветущая.

На данной особо охраняемой природной территории произрастает 10 видов охраняемых грибов, среди которых такие исчезающие представители отдела Базидиомикота, как ганодерма блестящая, дентипеллис ломкий, гериций коралловидный, пикнопорус киноварно-красный, банкера черно-белая и болетопсис бело-черный.