Научно-исследовательская деятельность заповедника заключается в проведении стационарных круглогодичных исследований, направленных на изучение природных комплексов и динамики природных процессов для оценки и прогноза состояния экосистем, объектов животного и растительного мира, разработки научных основ охраны природы и сохранения биологического разнообразия.
Особое внимание уделяется слежению за состоянием численности редких в Европе и Беларуси видов животных и растений, разрабатываются меры по их охране.
На станции фонового мониторинга ежедневно ведутся исследования по оценке влияния поступающих на территорию заповедника различных видов загрязняющих веществ. Вся информация, получаемая по программам экологического мониторинга Березинского заповедника, широко используется как в Беларуси, так и в ряде европейских научных центров, поступает в систему ЕвроМАБ.
