Лесной отдел организует охрану всей территории и руководит деятельностью 7 лесничеств: Березинского, Рожнянского, Домжерицкого, Крайцевского, Терешкинского, Заречного, Паликского.
Вся территория заповедника поделена на кварталы с просеками, на пересечении которых установлены квартальные столбы с нумерацией. Меньшие номера указывают на север, а большие - на юг. Квартал – это минимальная организационная единица в лесном хозяйстве, вокруг которой проводится комплекс мероприятий. Работу лесников организуют лесничие и их помощники, в штат лесничеств также входят инспекторы, мастера и лесники, осуществляющие обход территорий. Обход – это несколько лесных кварталов, средняя площадь которых составляет 1370 га (т.е. ~ 13 км2). Рабочий день лесника начинается с обхода контролируемой им территории.
В заповедной зоне сбор грибов и ягод разрешается только местным жителям. Разрешение на рыбную ловлю кроме них имеют и лица, проживающие в гостинице, гостиничных домиках. На нарушителей заповедного режима составляются протоколы, добытая продукция изымается. После составления протокола решается вопрос о мере наказания. Для нужд местного населения разрешается уборка захламленности, сухостойных, ветровальных и буреломных деревьев.
В 2012 году в Домжерицком лесничестве была построена теплица для выращивания посадочного материала в закрытом грунте. В 2017 году было высеяно в теплицу 9,3 кг сосны обыкновенной (из них 2 кг селекционных семянI класса качества и 7,3 кг I класса качества) и 3 кг ели европейской I класса качества. По результатам технической приемки всходы х были дружные. Главным образом посадочный материал выращивается для лесокультурного производства. Для выращивания посадочного материала применяются минеральные и органические удобрения, гербициды, и активаторы роста. В теплице трудятся квалифицированные специалисты, которые следят за выращиванием посадочного материала заданных размеров и необходимого качества.
Леса являются одним из важнейших национальных богатств Беларуси и наиболее привлекательным видом рекреационных территорий. Пожары из множества природных и антропогенных факторов оказывают доминирующее негативное влияние на состояние и динамику лесных экосистем, наносят государству значительный материальный и экологический ущерб. Охрана лесов от пожаров является одной из важнейших задач для ГПУ «Березинский биосферный заповедник».
Пожарно-химическая станция (ПХС) расположена в ГПУ «Березинский биосферный заповедник». ПХС снабжена основными средствами пожаротушения, в каждом лесничестве организованны пункты хранения противопожарного инвентаря с типовым оснащением (ППИ), а в ЭЛОХ «Барсуки» в Барсуковском лесничестве; а также в Березинском, в Паликском и в Домжерицком лесничествах ГПУ «Березинский биосферный заповедник» оборудованы также пожарные наблюдательные вышки системой видеонаблюдения. На пожароопасный период производится регулярное авиопатрулирование по разработанным маршрутам, организуется дежурство персонала в период повышенной пожарной опасности.
В течение 9 месяцев 2017 г. выполнен план по защите заповедника от лесных пожаров, в т.ч. воздушный патруль, наземное управление, устройство минеральных противопожарных полос (283,3 км) и уход за ними (578,3 км). В пределах территории заповедника и прилегающих охотхозяйств в 2017 г. было зарегистрировано пять пожаров площадью возгорания менее 1,0 га по причине неосторожного обращения с огнем при отсутствии осадков.
Ежегодно проводится профилактические мероприятия, включающие в себя проведение разъяснительной и воспитательной работы среди школьников, местного населения, рабочих и сотрудников путем проведения лекций и бесед, устройства и установки красочных панно и аншлагов.
Установлено 156 предупредительных аншлагов и плакатов. Поставлено 5 шлагбаумов, 15 шлагбаумов были починены на лесных дорогах в пределах заповедника. Проведен ремонт 8,9 км дорог, произведен ремонт моста в Березинском лесничестве.
